An de gráce 1327, la chrétienté est en crise. L'ex-inquisiteur Guillaume de Baskerville se rend dans une abbaye bénédictine du Sud de la France pour participer à une rencontre entre franciscains prónant la pauvreté du Christ et partisans d'un pape amateur de richesses. Dès son arrivée, il se voit prié par l'abbé de découvrir au plus vite la raison de la mort violente d'un de ses moines, retrouvé assassiné. L'inquisiteur Bernard Gui, dont la réputation de cruauté n'est plus à faire, est attendu, et l'abbé craint pour l'avenir de son abbaye. Tel un ancétre de Sherlock Holmes, Baskerville se met à l'ouvrage, assisté du jeune Adso de Melk. D'autres morts vont venir compliquer sa táche.