Kenshin Himura, appelé aussi Battosaï l'assassin est le plus légendaire des patriotes ayant contribué à la restauration de l'ère Meiji. Lors de l'avènement de l'ère Meiji, Kenshin est devenu vagabond. Il s'interdit de tuer et porte un sabre dont la lame est inversée. Après avoir mis en déroute les frères Himura en résolvant l'affaire du "Faux Battosaï", il s'installe au dójó Kamiya. A la suite de cette affaire, de nouveaux disciples font vite leur apparition au dójó. C'est le cas de Yahiko Myójin, un jeune descendant de samouraïs qui, après avoir été sauvé des Yakuza par kenshin, devient disciple de l'école de l'Esprit vivant. De méme, suite à sa rencontre avec Kenshin, Sanosuké Sagara décide de mettre un terme à sa profession de combattant sur gages, et se joint à Kenshin. L'école Kamiya peut ainsi espérer renaítre... Un jour, Sanosuké découvre qu'un de ses amis est mort suite à une overdose d'opium. Une belle femme, Megumi Takani, poursuivie par un groupe d'hommes, fait alors irruption et demande protection à Kenshin.Cependant, celle-ci semble étre impliquée dans le trafic d'opium. Pour cette raison, elle est recherchée par la milice privée d'uun jeune homme d'affaires, Kanryü Takeda...