Un beau jour, Hajimé Saïto, un ancien membre de Shinsen-Gumi, apparaít devant Kenshin. Après avoir changé son nom et se faisant appeler Goró Fujita, il blesse grièvement Sanosuké avant de lancer un défi à Kenshin. En réalité, il est en mission secrète pour le compte de la préfecture de police afin de mesurer les capacités de Kenshin au combat. Tosimichi Ókubo, ministre de l'intérieur, demande à Kenshin d'assassiner Makoto Shishio, successeur de "Battosaï l'assassin", devenu chef d'une organisation clandestine. Malgré les efforts des proches de Kenshin pour l'empécher, ce dernier accepte la mission. Il part ainsi seul vers Kyoto après l'assissinat d'Ókubo par un homme de Shishio.